Aukščiausiasis organizacijos valdymo organas – visuotinis dalininkų susirinkimas, kurio metu sprendžiamojo balso teisę turi dalininkai, o patariamojo – įstaigos direktorius ir Nacionalinės priežiūros tarybos nariai.

Nacionalinės priežiūros tarybos – patariamojo kolegialaus valdymo organo – tikslas – analizuoti įstaigos veiklą ir teikti pasiūlymus direktoriui ir/ar visuotiniam dalininkų susirinkimui dėl veiklos tobulinimo.

Konsultantų taryba – patariamasis kolegialus valdymo organas, teikiantis pasiūlymus direktoriui dėl veiklos plėtros.

Konsultavimo tarnyba yra dviejų lygių: centras Akademijoje, Kėdainių r., ir 46 biurai, esantys visoje Lietuvoje.

Centro skyrių specialistai rūpinasi konsultantų kvalifikacija, rengia jų veiklos programas, aprūpina mokymo, metodine-informacine, reprezentacine medžiaga, techninėmis priemonėmis, koordinuoja rajonų konsultantų darbą bei vykdo veiklos kontrolę, dalyvauja tarptautiniuose projektuose.

Kiekviename biure dirba nuo 3 iki 9 konsultantų: ūkio apskaitos, ekonomikos, gyvulininkystės, inžinerijos, augalininkystės konsultantai, buhalteriai. Žemdirbiams teikiamos kvalifikuotos paslaugos bei konsultacijos tradicinės augalininkystės, gyvulininkystės, ūkio apskaitos ir ekonomikos, žemės ūkio pastatų statybos, mechanizacijos ir kitais klausimais.

Be to, konsultantai organizuoja kursus, seminarus ir padeda žemdirbiams susigaudyti nuolat besikeičiančioje žemės ūkio politikoje, konsultuoja, kaip naudotis Europos Sąjungos struktūrinių fondų parama. Tai skatina žemdirbius priimti optimalius sprendimus, didinti ūkio konkurencingumą.

Atskiras filialas yra Konsultavimo tarnybos leidinio „Mano ūkis“ redakcija, kiekvieną mėnesį leidžianti informatyvų žurnalą žemdirbiams „Mano ūkis“ ir įvairius jo priedus.